Use o netstat ou qualquer outra ferramenta de varredura / monitoramento de rede que você possa ter para gerar uma lista de portas para cada aplicativo, então percorra-o manualmente e verifique se tudo nesta lista está OK .
Se for um servidor recém-configurado e ainda não estiver em direto na Web, será o mais limpo possível. Tudo deve ser legítimo, mas é sempre uma boa ideia verificar os resultados para: a) saber o que está no seu servidor e como isso funciona; b) certificar-se de que algo não chegou lá e que não deveria ser .
Observe que realmente não há muita proteção oferecida por um firewall - ela nunca deve ser sua principal defesa. Seu servidor não vai abrir aleatoriamente uma porta e começar a enviar / receber nela - por padrão, todas as portas estão fechadas. É somente se você for enganado a instalar algo no servidor ou se houver uma vulnerabilidade em algo que você já esteja usando e que não tenha sido corrigida (talvez seja uma exploração de dia zero ou você não atualizou rápido o suficiente) que o problema começa - nesse caso, seu firewall não será de muita ajuda.
Por exemplo, se houver uma vulnerabilidade encontrada em seu software de servidor FTP, uma porta anteriormente desbloqueada manualmente (por exemplo, 21) será agora um vetor de ataque. O invasor agora tem os mesmos privilégios em sua máquina do que qualquer usuário em que o servidor FTP estava executando - e seu firewall não pode fazer nada a respeito.
Se você deseja um servidor da Web realmente seguro, chroot (ou melhor ainda, BSD jail) os aplicativos e verifique se eles estão sendo executados como um usuário diferente ( nunca raiz! ) com o mínimo de permissões você pode se safar. Se você tem algo como o SELinux (baseado no RedHat) ou o AppArmor (baseado no Debian) em sua distro, use-o. É uma proteção no nível do kernel que coloca na lista de permissões as ações que um programa pode executar (por exemplo, quais diretórios podem ler / gravar de / para, quais interrupções podem desencadear, quais portas podem ser abertas etc.) e pode ser um grande benefício quando se trata de proteger seu servidor corretamente.
tl; o firewall não é tão bom quanto você pensa. Use esse tempo na configuração baseada em ACL e na prisão de todos os seus serviços.