Sim fazer um backup é sempre a resposta certa.
Não usando gerenciadores de pacotes como o yum para atualizar seu sistema não vai mexer com seus dados.
A única ressalva é que, às vezes, os formatos de dados mudam entre as versões do software. Por exemplo, o formato de armazenamento de dados que o mysql usa pode mudar, e os scripts de atualização podem ajudá-lo a converter seus dados para o novo sistema, mas é muito improvável que uma atualização de pacote como essa realmente quebre seus dados. Também os backups são a coisa certa a fazer, porque se algo der errado com as atualizações do sistema, como um sistema não inicializável em uma atualização do kernel, será bom ter esse backup em seu bolso.