Normalmente, você deseja que o usuário de FTP, o usuário SSH, o usuário do servidor web e o usuário PHP sejam consistentemente os mesmos para evitar problemas de permissão. Leia isto,
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Se não apenas pela sua própria sanidade ao trabalhar em um site. Caso contrário, você provavelmente se encontrará continuamente chmod'ing ou chown'ing.
Em princípio, é mais seguro ter dois usuários versus um. Mas a segurança só vai ser tão boa quanto a pessoa que a usa. E o resultado provável é alguém recodificando um dir apenas para tentar resolver um problema de permissões - depois, esquecendo-o e deixando-o totalmente aberto. Além disso, se o selinux estiver ativado, haverá problemas potenciais de travessia de árvore.
Também executamos o Nginx como um usuário diferente, mas geralmente fazemos parte do mesmo grupo que o processo PHP, mas como ele é usado apenas para conteúdo estático, ele realmente só precisa de acesso de leitura.