Isso é realmente estranho: Então, depois de fazer upload de uma pasta com arquivos php em outro serviço e tentar executá-los a partir de um navegador, recebo 500. Se eu abrir um arquivo em um editor de texto, salve-o com um nome diferente file1.php, em seguida, apague o original e renomeie o arquivo1.php para o nome anterior, ele funciona.
Isso parece muito com um problema de permissão. Quando você salva o "segundo" arquivo, você está salvando-o com permissões 0644 por padrão, com seu usuário / grupo, pelo menos em * nix. Se você quiser, poste a saída de ls -l file1 file2 antes de fazer a renomeação, e eu posso lhe dar uma resposta melhor.
Quanto às permissões, tente alterar as permissões no arquivo original usando chmod :
chmod 0644 <file>
A sequência "carregar, falhar, editar, salvar, renomear, ter sucesso" informa que é provável que seja um problema de final de linha. Tente executar:
dos2unix original-uploaded-file
para ver se isso resolve o problema.