Suponho que você esteja usando o VMWare aqui ... em caso afirmativo:
Não, ele não renomeia os arquivos da máquina virtual. Apenas altera o valor "nome de exibição" no arquivo .vmx.
Existem algumas soluções de software que podem ajudar com isso. O Trilead VMX é um brinde que pode executar uma tarefa de "replicação" que clonará adequadamente uma VM para um novo nome.
Eu não sei os detalhes do seu ambiente e qual versão / licenciamento você tem, mas existem alguns métodos para fazer isso, dependendo do que você tem disponível. Na maioria das vezes eu acabo fazendo isso manualmente usando SSH e usando o vmkfstools.
O VMware tem um documento útil aqui: