Para iniciar um deamon, servidor ou aplicativo do Linux na inicialização, normalmente é usado um script em /etc/init.d
.
Dê uma olhada neste script para iniciar o node.js no Centos: link
Depois de fazer sua própria versão com o seu arquivo, você pode "ativá-lo" para ser executado na inicialização com:
%código%
Depois disso, você também poderá usar chkconfig nodejs on
ou service nodejs start
para iniciar ou pará-lo.