Se você estiver executando o Xen 3 ou anterior, defina proc/sys/xen/independent_wallclock para 0 e os relógios devem ser sincronizados automaticamente.
Se você estiver usando o Xen 4+, defina tsc_mode=2 no arquivo vm.cfg para a VM.
A sincronização automática pode causar problemas em alguns softwares. Seu sistema operacional deve lidar com isso, apesar de poder reclamar sobre o tempo indo para trás. Os problemas mais notáveis são aqueles em que o tempo pulando para trás faz com que algo no programa se comporte mal (é um tanto raro, mas acontece).
Se você não puder executar a sincronização automática de horário por qualquer motivo, defina independent_wallclock para 1 ou tsc_mode para 0 e execute NTP. Isso ainda terá problemas de deslocamento, pois o relógio será inconsistente (é a natureza das VMs e realmente não pode ser "consertado").