Parece que você está pensando em serviços de backup on-line , como Crashplan, Mozy, Backblaze, etc. Não há nada inerente ao backup na nuvem que exija que você use o software de outra pessoa. Você pode criar seu próprio arquivo de backup, criptografá-lo localmente e enviá-lo para qualquer armazenamento em nuvem, como S3 ou Rackspace Cloud Files. Sem a chave de descriptografia, não há nada que alguém possa fazer com esses dados. Isso é tão seguro quanto armazenar suas fitas criptografadas em um serviço de tapevault como a Iron Mountain.
Se você usar um serviço de backup online para executar o backup, então você está certo. Você precisa confiar no software fornecido e confiar nos métodos de segurança das empresas. Não há garantia de que não haja um backdoor de algum tipo. A intenção maliciosa arruinaria seus negócios se descoberta, mas é claro que também há incompetência simples que pode colocar seus dados em risco. O Ubuntu One tem um cliente de código aberto que você pode rever e compilar. Se você confia na criptografia local, não há necessidade de confiar nos servidores remotos.
Como sempre, é uma escolha entre a conveniência de software já comprovado e escrito e a quantidade de confiança que você deseja colocar no modelo de negócios de outra pessoa.