Atualmente, temos um servidor de arquivos configurado de maneira semelhante. A unidade de inicialização e vários outros são através do VMWare e uma unidade de dados é uma conexão iSCSI direta. Ele foi configurado anteriormente para superar os limites de 2 TB dos discos rígidos no VMWare. E sim, os recursos da captura instantânea e do HA do vCenter não se aplicarão a esse volume conforme ele é apresentado diretamente ao servidor. Isso funcionou bem para nós, já que a 'unidade' é coberta por instantâneos na SAN.
No que diz respeito ao comentário de intermediário feito pelo administrador, devo dizer que não há problema com o desempenho e não há motivo para não aproveitar os recursos de instantâneo e alta disponibilidade. Este artigo em particular mostra que a sobrecarga do hipervisor para armazenamento é mínima. Ao enviar para o armazenamento centralizado seu gargalo não seria o hipervisor, mas o meio conectando os hosts ao seu armazenamento (fibra, ethernet, etc ...) e passado que os próprios drives e controladores. A única vez que pude ver o hypervisor se tornando um gargalo é se você sobrecarregou o host com mais recursos alocados virtualmente do que o fisicamente e todas as VMs chamando por eles de uma só vez. Se você estiver absolutamente convencido de que o hipervisor causaria um problema de desempenho, poderá usar um mapeamento de dispositivo direto. Se você levar algum tempo para pesquisá-los, houve vários estudos de caso sobre o desempenho do armazenamento e do VMWare.
Pessoalmente, não tive problemas ao usar o VMWare para gerenciar o armazenamento, especialmente com versão 5.5 e os novos limites de armazenamento. Espero que isso ajude.