Eu tenho tendência a colocar / var em sua própria partição e também / srv em sua própria partição.
Em um servidor de produção, / var em sua própria partição é uma boa idéia, não só porque você pode precisar de muito espaço para isso (como você descobriu), mas também porque se ele for preenchido com logs, você não quero que isso faça com que todo o seu servidor pare de funcionar.
Além disso, tenho a tendência de criar um ponto de montagem / srv e montar uma partição separada lá também. Se eu precisar de armazenamento para serviços, eu coloco todos em / srv (geralmente são compartilhamentos do Samba com os quais eu lido).
Portanto, com a maneira como costumo usar o Linux, eu tenho / var e / srv e / home como áreas que provavelmente crescerão muito, e eu uso uma partição separada para todos esses pontos de montagem. Também prefiro mover o local de armazenamento do MySQL de / var para / srv, portanto, todos os dados para serviços estão em um local fácil de lembrar. Além disso, sites que não são relevantes para apenas um único usuário, também tendem a migrar de / var / www para / srv / www para consistência.
Eu também acho que o LVM é uma coisa boa para aprender e usar. No entanto, se você estiver usando o Linux em um ambiente virtual, é um problema menor, já que não é tão importante redimensionar discos virtuais, e, portanto, a vantagem do LVM é um pouco menor (embora ainda haja vantagens) . Eu tenho tentado aprender a administração do Linux através do shell de comando, então eu coloquei meu aprendizado em camadas. Eu deixei de fora o LVM por enquanto e fiquei bastante familiarizado com o jeito antigo por enquanto ...
.. mas se você optar por usar o LVM ou não, não há como aprender sobre o uso pretendido dos vários diretórios. Depois que você souber disso, estará mais preparado para tomar suas próprias decisões sobre como particionar. Você pode ler mais sobre isso no Padrão de hierarquia do sistema de arquivos