Você está familiarizado com mysqldump
? É uma ferramenta que cria um arquivo cheio de instruções SQL que recriarão as tabelas que você pediu para descarregar e importar os dados que elas continham. Faz parte da instalação padrão do MySQL.
Você pode usá-lo assim:
mysqldump --defaults-extra-file=/home/username/.my.cnf database table > table.sql
Por padrão, o dump inclui CREATE TABLE
declarações.
Você pode restaurar assim:
mysql database < table.sql