Tente reverter o redirecionamento:
mysql -u root -p databasename < D:/database.sql
'>' significa redirecionar a stdout; '<' redireciona stdin
Se você está realmente usando o phpMyAdmin, como você diz que é, você pode fazer login com as mesmas credenciais e ir para a aba "Importar" (uma antes da última) e fazer o upload do arquivo.