O AD não terá um problema com isso. Ele armazena todas as informações sobre os usuários em um banco de dados nos controladores de domínio, junto com suas informações sobre tudo o mais.
Quanto ao "outro software", isso depende do "outro software" e se é provável que você use essas contas novamente (suponho que, se você fosse 100% positivo, contas mortas que nunca seriam tocadas novamente, você as estaria excluindo ...).
É improvável que você viole outro software "nível de servidor" fazendo isso, mas claramente se o software de área de trabalho de alguém (por exemplo, escritório) estiver armazenando muitas configurações personalizadas em seu perfil e excluir o perfil claramente Não será possível encontrar suas configurações se alguém fizer login nessa conta novamente. Só você pode dizer com certeza se isso é um problema ou não ... não deve ser um problema para a maioria das coisas, mas nenhum de nós sabe se você está executando o "software de contabilidade do Crazy Joe" em o ID do ex funcionário (crazy joe é conhecido por ser o lar de coisas malucas, como armazenar dados importantes em perfis e por ser o patsy sempre que eu precisar de um nome de empresa para meus exemplos inventados).