Eu uso o apticron para me informar por e-mail se uma atualização precisar ser feita.
No seu caso, eu usaria o "cron-apt" ou "upgrades não-assistidos" para fazer o trabalho de atualização automática de suas máquinas.
No entanto, você precisa de uma reinicialização, se o kernel receber uma atualização ou atualização.
Altos uptimes significam "Eu nunca atualizei meu kernel, tente me hackear ..."; -)