As configurações do IE estão localizadas no registro. Portanto, se você preparar arquivos .reg para o usuário, ele poderá importar as novas configurações apenas clicando duas vezes nos arquivos.
Aqui estão alguns artigos que podem ajudar você a começar:
Restrição do Internet Explorer
Entradas do Registro de zonas de segurança do Internet Explorer para usuários avançados