Se você puder disponibilizar os dados que deseja registrar via SNMP, uma ferramenta de monitoramento como Zenoss Principal ou o Nagios / Cacti permite que você recupere os dados SNMP de cada sistema, registre e faça gráficos, e gere alertas quando os limites forem excedidos. A coisa boa sobre o SNMP é que ele está disponível livremente e em várias plataformas. O Zenoss Core também é gratuito e fácil de configurar. Nós o usamos para monitorar apenas meia dúzia de servidores, mas ele pode ser dimensionado para muitas centenas. Alguns recursos exigem a versão corporativa não livre.
Uma ferramenta como Splunk é outra opção. Isso simplesmente coleta os dados de log brutos (você informa seus servidores para enviarem seus logs para o seu servidor Splunk), indexa-os e os torna pesquisáveis. Você pode criar relatórios, painéis e alertas. Ele requer mais configuração e não é gratuito, mas é poderoso porque é muito livre e permitirá correlacionar eventos em vários servidores. Confira o vídeo de demonstração deles.