Eu encontrei este artigo mencionando uma entrada de registro que poderia ser o culpado:
With scheduled updates, administrators will be given a five-minute interval to decide whether to postpone installation, once the update files are downloaded (which will delay it until the next restart or scheduled interval -- depending on registry settings). If the installation requires a reboot (which is frequently the case) a user will be presented with a modal (i.e., positioned in front of the other windows) dialog box reminding her of the need to reboot (by default, the reboot will not be forced, although this can be changed by modifying the registry entry).
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Policies\Microsoft\ Windows\WindowsUpdate\AU\NoAutoRebootWithLoggedOnUsers
O logoff pode acionar a reinicialização automática adiada.
Veja também esta postagem do blog: "O Windows Automatic Update Client está reinicializando seu sistema inesperadamente? Leia isto para “consertar” isso… ”.