Duas coisas são registradas no log de erros; erros do próprio apache e uma cópia do stderr de qualquer aplicação CGI ou PHP. Você pode reduzir os erros do Apache usando a opção LogLevel, mas isso geralmente representa muito pouco do registro. Principalmente 404s. Você provavelmente descobrirá que a maior parte é gerada por suas aplicações.
A coisa óbvia a fazer seria procurar o que está no log de erros e corrigir o problema. Se você está dando vários gigabytes de logs por dia, está tentando lhe dizer algo. Talvez atualize sua resposta com um link para um trecho de seus registros. Isso deve nos permitir dar respostas mais detalhadas.
(BTW, você só precisa recarregar o apache para que ele possa fazer alterações na configuração. Não deve haver razão para reiniciar o servidor inteiro.)