Ok, observei o charme Nginx . Parece que coloca a configuração nos locais padrão. Estes são /etc/nginx/nginx.conf para a configuração principal do Nginx e /etc/nginx/sites-enabled/default para a configuração padrão do site.
Existe uma opção nesses arquivos de configuração chamada client_max_body_size . Altere isso para um valor como 20m para permitir um limite de upload de 20 megabytes.