ISAPI Rewrite é executado no IIS 6.0, portanto, a solução na página que você vinculou deve funcionar:
Simply add the following lines to the global rules file (httpd.conf in your ISAPI_Rewrite installation directory):
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP:User-Agent} MSIE\ [56]
RewriteCond %{HTTP:User-Agent} !SV1
RewriteCond %{REQUEST_URI} \.(css|js)$
RewriteHeader Accept-Encoding: .* $1
Se você não quiser gastar 99 USD para a licença (acho que vale a pena, usei-o no IIS 6.0), há um projeto de código aberto no CodePlex , que funciona de maneira semelhante.