Não há nenhuma razão técnica pela qual você precise usar o certificado externo em servidores internos, a menos que você tenha uma configuração em que os servidores internos também possam ser acessados diretamente de fora, o que parece improvável na maioria dos ambientes.
O auto-assinado é bom em um ambiente no qual você controla as duas extremidades da conexão SSL, que é o caso no verso do HAProxy e na parte frontal dos servidores de aplicativos internos.