Você tem algumas opções aqui:
Para reiniciar um pool de aplicativos individual, tente (referência) :
appcmd recycle apppool /apppool.name: string
OR
appcmd stop apppool /apppool.name: Marketing
appcmd start apppool /apppool.name: Marketing
Para reiniciar um site individual, tente (referência)
appcmd stop site /site.name: contoso
appcmd start site /site.name: contoso
ou você pode reiniciar todo o servidor IIS:
iisreset
Eu acho que isso funciona no IIS 7.5 Ele definitivamente faz em 7.0 e eu fui informado por um colega que ele faz em 8, então não há razão para acreditar que 7.5 não vai
Espero que isso ajude