Verifique se você está não acessando regularmente o espaço de troca para qualquer coisa - disco I / O é um gargalo muito comum, particularmente no Xen VPS 'com alocações de RAM relativamente pequenas supondo que você está no Slicehost, dada a sua menção de usar uma "fatia").
Embora ter espaço de troca pareça ser uma vantagem (particularmente porque seu VPS não falha e morre quando você tenta executar vários aplicativos que consomem memória, como Apache com conteúdo PHP dinâmico e MySQL), isso leva rapidamente a um desempenho abaixo do padrão. especialmente se você estiver em um nó de host VPS cheio de outras pessoas fazendo a mesma coisa.
Editar: eu recomendo o Wiki LowEndBox (LowEndBox se concentra em ambientes virtuais com memória alocações na mesma vizinhança que a sua) para obter dicas de otimização para que o Apache e o MySQL funcionem perfeitamente em seu ambiente virtual.