Você precisa de rsync
meu amigo; confira a man page e faça algumas pesquisas para mais informações. O Rsync copia arquivos entre diretórios de uma maneira muito inteligente; somente as alterações são copiadas.
Portanto, um marcador como rsync -a /path/to/importantfolder/ /path/to/backupdrive/importantbackup/
Procure nas páginas nan a sintaxe para obter exatamente o que você quer.
Em seguida, você pode incluir isso em um script bash e executá-lo como uma tarefa do cron ou executá-lo manualmente ao conectar seu disco rígido.
Esta é a sua própria solução. Se você não é um fã, tenho certeza que alguém já criou uma solução para isso.