Eu tenho um servidor Ubuntu hospedando vários sites, alguns do Wordpress, alguns simplesmente HTML simples, mas cada página tem exatamente o mesmo script do Google Analytics quando vejo a fonte em um navegador da web. Não consigo descobrir como isso está sendo adicionado a todos os sites, já que alguns deles são apenas uma página HTML. Se você visualizar a fonte e olhar a parte inferior (logo antes da tag body final), verá o script.
Aqui estão dois dos sites: link link
Existe algum lugar, talvez um arquivo de configuração do Apache, que possa ter sido modificado para adicionar isso?
O mais provável é que você esteja usando o módulo de apache PageSpeed configurado para inserir seu ID do Google Analytics com o < uma diretiva href="https://developers.google.com/speed/pagespeed/module/filter-insert-ga"> ModPagespeedAnalyticsID ou algo similar.
Se mesmo arquivos HTML estáticos estiverem fazendo isso, provavelmente você deve estar olhando para o Apache. Verifique primeiro os arquivos .htacess. Talvez tente renomear todos eles de uma só vez, se houver algum. Então, se você ainda tiver um problema, verifique a configuração do Apache, ou talvez procure por módulos, como mod_pagespeed. Realmente não seria possível dizer sem solução de problemas no próprio servidor, mas parece que há uma grande chance de que o problema esteja no Apache.