É muito melhor acompanhar as alterações dentro da máquina, pois git
etc. não funciona muito bem com um grande binário binário como uma imagem de disco da VM.
Para poder reverter para outro estado, os instantâneos são uma excelente solução, mas têm um impacto no desempenho.
O melhor método (IMHO) é usar uma ferramenta de gerenciamento de configuração (por exemplo, Puppet) e rastrear as alterações de seus arquivos de configuração.