Isso é feito facilmente usando o mod_rewrite. Você pode configurá-lo para ter uma condição de que, se o arquivo não existir no primeiro diretório, ele deverá procurar no segundo, e assim por diante.
Aqui está uma breve configuração de amostra; Para mais informações, consulte a questão mod_rewrite canônica e documentação mod_rewrite do apache .
RewriteEngine on
# first try to find it in dir1/...
# ...and if found stop and be happy:
RewriteCond %{DOCUMENT_ROOT}/dir1/%{REQUEST_URI} -f
RewriteRule ^(.+) %{DOCUMENT_ROOT}/dir1/$1 [L]
# second try to find it in dir2/...
# ...and if found stop and be happy:
RewriteCond %{DOCUMENT_ROOT}/dir2/%{REQUEST_URI} -f
RewriteRule ^(.+) %{DOCUMENT_ROOT}/dir2/$1 [L]
# else go on for other Alias or ScriptAlias directives,
# etc.
RewriteRule ^ - [PT]