Eu finalmente resolvi meus problemas!
Descobri que, por alguma razão, meus repositórios do rpmfusion estavam todos apontados para os pacotes do Fedora; e é por isso que eu estava recebendo todos os conflitos que estavam vindo. Se alguém receber erros de Glibc.2.14 () (64BIT) necessários ou algo similar, cheque seus repos no /etc/yum.repos.d com o vim e veja onde eles estão apontados. Para resolver isso eu simplesmente removi o rpmfusion de graça e não livre com o Yum, uma vez que fiz isso eu limpei tudo e atualizei para verificar se tudo estava funcionando; e depois os reinstalou usando;
su -c 'yum localinstall --nogpgcheck http://download1.rpmfusion.org/free/el/updates/6/i386/rpmfusion-free-release-6-1.noarch.rpm http://download1.rpmfusion.org/nonfree/el/updates/6/i386/rpmfusion-nonfree-release-6-1.noarch.rpm'
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Agora, voltemos à questão da conversão de áudio. Como Michael Hampton apontou em um comentário, os plugins sox necessários para a conversão de mp3 e ogg não estão incluídos no CentOS. No entanto, o FFmpeg tem um ótimo tutorial que ajuda a compilar os codecs necessários que eu precisava do código-fonte. Isso funcionou apesar de eu ter tido um ligeiro soluço na compilação do ffmpeg desde que eu tive problemas com a pasta tmp. Eu consegui resolver isso, fazendo uma pasta tmp na minha pasta pessoal real e, em seguida, usando;
export TMPDIR=$HOME/tmp
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Esta compilado corretamente e agora eu tenho ffmpeg trabalhando com todos os tipos de codecs. Se alguém mais estiver usando o ffmpeg ou qualquer outra conversão de áudio em um servidor; Você também pode querer procurar por php fileinfo posteriormente para poder verificar o que as pessoas estão enviando. Espero que isso ajude alguém.