Isso depende inteiramente do que está tirando o instantâneo. O VMware ESXi usará o VMware Tools para suspender o sistema de arquivos guest para garantir que você tenha um instantâneo consistente. O Hyper-V faz uma operação semelhante quando as ferramentas de iluminação são instaladas.
Não conheço nenhuma solução de virtualização que use snaps inconsistentes, a menos que você diga explicitamente para não desativar o sistema de arquivos guest. Isso não quer dizer que eles não existam, mas sem mais detalhes sobre o que realmente está fazendo o snap, é difícil dizer definitivamente.