Ainda não posso fazer comentários, mas estou com dificuldades para encontrar a utilidade no que você pediu.
Se você deseja obter um EC2 vazio, basta terminar o existente e abrir um novo. Essa é a maneira de fazer as coisas da AWS.
Você pode criar uma AMI do EC2 em branco e criar um novo EC2 baseado nessa AMI em branco, mas isso é mais ou menos a mesma coisa que a minha sugestão na linha acima.
Você pode fazer todas as coisas úteis programaticamente usando as APIs da AWS, como criar novas máquinas, finalizar ou reinicializar máquinas etc.
Se você conseguir esclarecer exatamente o que espera alcançar (e por que deve reiniciar, não começar com um novo EC2), talvez possamos criar soluções mais personalizadas / úteis.
Editar:
Outra abordagem seria criar um EBS e usá-lo como seu disco. Porque a vida é independente do EC2, você pode fazer o que quiser com ele. Você deve poder restaurar de um AMI (um backup de uma imagem limpa) no EBS sempre que quiser.
Amazon Elastic Block Store – Amazon Elastic Block Store (EBS) offers persistent storage for Amazon EC2 instances. Amazon EBS volumes are network-attached, and persist independently from the life of an instance.