Suponho que o motivo pelo qual você acha que será bloqueado é colocar a regra DROP padrão antes de configurar as regras de ACEITAR.
Execute os comandos através de um único comando da shell como:
bash -c 'iptables -F; iptables -P INPUT DROP; ...'
A string inteira será enviada e lida antes de ser processada e, em seguida, as regras serão aplicadas. Como os comandos não exigem entrada, todos eles serão processados e, quando você terminar, ainda terá acesso.