Diretivas de conta baseadas em domínio são aplicadas a partir do GPO de Domínio Padrão. Se você os estiver configurando em outro GPO, esse GPO deverá estar vinculado no nível do domínio e deverá ter uma precedência mais alta do que a diretiva de domínio padrão.
Como as Políticas de conta são configurações do computador, elas afetam o banco de dados de contas de segurança local nas máquinas afetadas pelas configurações, que em um domínio é o banco de dados do AD em cada controlador de domínio. Portanto, quando você fizer alterações nas suas Diretivas de Conta baseadas no Domínio, precisará atualizar a Diretiva de Grupo nos seus controladores de domínio antes de ver o efeito deles sobre os usuários do Domínio.