Dependendo de como o seu Apache / PHP está configurado, será o código PHP que está tomando o tempo da CPU não o próprio Apache (se você rodar via modPHP então o uso da CPU do PHP é contado no Apache, se você usa CGI / FastCGI PHP processo deve ser listado separadamente na saída de top
).
Eu não sei nada de Magento (suas rotas de suporte seriam um lugar melhor para pedir ajuda específica para seus scripts) é possível que haja algum erro de configuração que esteja fazendo com que ele tente fazer muito trabalho - verifique novamente a documentação para veja se tem alguma sugestão sobre como otimizar o uso da CPU.
Pode ser que ele esteja executando uma tarefa uma vez a cada vez que precede uma pilha de coisas que, em seguida, armazena em cache para uso posterior, caso em que o problema pode não estar presente em solicitações posteriores.
Também pode ser que o seu VPS esteja sobrecarregado em termos de CPU, então o que levaria um segundo ou menos acesso dedicado a um CPu poderia levar 10 porque o seu VPS está lutando com outros pelo uso da CPU. Eu vi muitas VMs comprimidas em uma máquina dual core que é boa quando a maioria das VMs está relativamente ociosa na CPU (o que é comum em máquinas web / sql, já que elas passam a maior parte do tempo esperando por E / S de rede ou disco em vez de fazer um trabalho ocupado com a CPU, mas longe de ser sempre o caso).
Você já tentou comparar o desempenho em uma cópia da instalação executando uma VM em uma de suas próprias máquinas? Se ele funcionar bem lá do que indica que algo é subespecificado com o seu VPS, se ele estiver lento em sua VM local (presumivelmente de outra forma descarregada), então o problema é mais fácil de ser incluído nos scripts ou em sua configuração. Você também pode tentar executar um benchmark de CPU simples para ver se a VM é "lenta na CPU" - sugiro um único teste de thread único de processo, pois parece que o que está mantendo o Apache ocupado é um processo / thread (uso geral de vCPU um 10-20% dependendo do que você conta enquanto o processo do Apache está listado em ~ 80%, pois ele está usando uma CPU virtual e o restante está mais ou menos inativo).