Não, é assim que o Puppet faz o pluginsync. Essa filosofia generalizada (de "não nos importamos se veio de um módulo") já estava em vigor quando eu escrevi o código pluginsync, então eu corri com ele. Mesmo se você namespace os arquivos, você não pode namespace tipos nativos, por isso não faria qualquer bom tê-los em diretórios separados. Mantenha seus nomes de tipos exclusivos (prefixo-os com o nome do módulo, talvez, como a maioria dos plug-ins existentes que vi) e você não terá problemas.