Este é um problema incrivelmente difícil de resolver no caso geral. Sistemas de arquivos replicados multi-mestres, geograficamente distribuídos, são um tópico no qual você pode obter um PhD mesmo quando não resolve todo o problema, portanto é improvável que um pequeno trecho de PHP ou Python seja muito .
Se você está lidando apenas com o acréscimo de arquivos (sem modificações) e não há possibilidade de colisão de nome de arquivo, o problema fica muito mais fácil e você pode usar um pequeno script de shell. Esteja avisado, porém, que esta não é uma situação comum - você pode pensar que é agora, mas aposto que as idéias dos usuários são diferentes.
Meu conselho: encontre alguém que conheça esse tipo de coisa e dê a eles algum dinheiro para realizar uma análise minuciosa dos requisitos e encontrar uma solução.