Não realmente. Há muitos arquivos em constante mudança em diretórios como / var / log que não são adequados para usar uma ferramenta de controle de versão. Além disso, os arquivos em / dev e / proc não são arquivos regulares e não podem ser versionados da mesma forma que uma ferramenta de VC também os esperaria.
O software de backup é um ajuste muito melhor para o que você procura, provavelmente algo como: tarsnap; backula ou um pacote similar.