Para adicionar as outras respostas:
Procure em /etc/crontab e na pasta /etc/cron.d para quaisquer tarefas cron que sejam executadas nessa época. (Veja man cron de como este arquivo funciona). Existem outras pastas ( cron./monthly/weekly/dailyhourly ) que contêm trabalhos que são executados nesses intervalos, mas provavelmente apenas cron.hourly terá qualquer coisa que será executada à meia-noite, e que normalmente está vazia nas configurações Debian padrão.
Outra possibilidade é que a coisa da meia-noite seja uma coincidência, e o Debian está rodando tão pouco na memória que o kernel invocou o oom_killer ( Link ), através do qual ele tenta se manter vivo matando processos, baseado em um sistema de pontuação. No entanto, se esse fosse o caso, você provavelmente teria notado que seus serviços não estavam sendo executados. dmesg registrará todos os pontos em que o oom_killer foi chamado desde que você inicializou o sistema operacional. ( /var/log/kern.log terá os mais antigos)
Para ser claro, no entanto. Não há nada inerente no Debian (ou qualquer Linux) que possa limpar a memória. A RAM é gratuita, onde o Linux normalmente a usa como um cache para o sistema de arquivos até que algo exija ou seja alocado para um processo.