Ambas são distros de ponta. O CentOS é da família Redhat, Ubuntu da família Debian de distros. As versões mencionadas não são, na verdade, as mais recentes, por ex. O Ubuntu está agora no 11.04 (no entanto, acredito que a versão 10.04 foi um lançamento de suporte a longo prazo, que pode ser a razão para o seu provedor usá-lo).
No que diz respeito à sua escolha, meu conselho seria seguir o que você conhece melhor. Não faz sentido experimentar muitas variáveis ao mesmo tempo.