Veja este relatório de bug. Ele inclui uma solução alternativa, que cito:
- via Gparted create another EFI partition (FAT32, 200MB, located in the first 100GB of the disk)
- move the 'boot' flag on it
- make Ubuntu use this new ESP (eg via Boot-Repair --> Recommended Repair).
Veja também a mensagem de erro que você citou em sua pergunta.