A mensagem não é um problema; O Linux tem poucos problemas em lidar com cilindros parciais. O que é um problema é a ordem das partições.
Você precisará apagar as partições swap e extended existentes, estender a partição 1 para o cilindro 994-1045 + 2610 = 2559 com uma ferramenta como parted ou via fdisk e resize2fs e, em seguida, recrie as partições estendidas e de swap depois (lembrando-se de chamar mkswap
contra a partição swap).