Isso é exatamente o que os "serviços" são para um sistema Windows.
Em relação ao console / GUI: havia uma opção de serviços para permitir que eles interagissem com o console do sistema, para que um serviço pudesse ter permissão para exibir janelas no sistema. Mas esse recurso foi removido no Windows Server 2008, portanto, não, no Windows Server 2008 R2, não há como um serviço exibir qualquer janela na área de trabalho. A única solução é usar um aplicativo de controle que "fala" com o serviço e monitora / configura / gerencia (como os consoles MMC).