1.Can I install linux and configure a couple of fast HDDs in RAID and can I have the same performances as some expensive storage solution?
Não. Eu iria pelo menos com um controlador de RAID de hardware decente (Adaptec é a minha aposta). A principal razão é que sua instalação no Linux é um problema simplesmente porque falta hardware otimizado. Ou seja: você não pode usar com segurança o cache de write-back, porque se a energia falhar, os discos podem ser malucos. Você pode fazê-lo em um Adaptec 5805Z ou um 5805 com BBU porque se a energia falhar, o cache de bordo é seguro (por algum tempo ou mais - a BBU funciona 2 dias, o modelo Z grava os dados em um módulo flash). Tecnicamente, btw., Isso eu ainda estou executando o Linux (no controlador).
2.How many CPUs do I need, motherboard, other?
Bastante irrelevante. Você não está ligado à CPU, a menos que faça compressão. Qualquer CPU deve ser suficiente, até mesmo um ATOM. Novamente, a menos que você faça muito mais do que apenas passar os fluxos através do disco, você provavelmente não terá um problema de CPU.
3.What is the best brand of HDDs for this?
Western Digital. Mais específico: Velociraptors, se você precisar de desempenho decente por um preço decente. A única unidade de 10k RPM com um drive SAS muito mais caro. Dependendo da sua necessidade de IO, você pode se safar com unidades maiores e mais lentas. Isso tem que ser testado e depende muito da sua codificação.
Obtenha um servidor de SuperMicro - 2 unidades de rack de alta, coloque para 24 discos rígidos (fator de forma 2.5). Muito espaço para expandir. Eu possivelmente começaria com 8 discos em uma configuração RAID 10. Várias gaiolas podem ser escravizadas umas às outras. Requer um controlador SAS RAID (como o acima mencionado Adaptecs).
4.Does water cooling exist for HDDs?
Sim, mas é totalmente irrelevante para o servidor. Isto é principalmente para o osmoen fazer um PC silencioso com watercooling total e querer livrar-se do calor HD sem ventoinha.