Com o Windows, infelizmente, suas opções são um pouco mais limitadas. Você poderia simplesmente tentar configurar um servidor FTP (não use o IIS) e definir uma largura de banda máxima. Isso deve efetivamente diminuir o impacto no servidor.
Com toda a honestidade, no entanto, se você estiver com uma desaceleração perceptível ao fazer uma cópia de um único arquivo em uma única thread ... Eu suspeito que há outros problemas em jogo. Se você está falando sobre copiar do SAS - > USB (ou vice-versa) e o atraso está acontecendo ... Provavelmente, há algum problema com a pilha USB. A pilha USB não deve afetar drasticamente o desempenho do sistema. Se você está correndo para o atraso ao fazer qualquer coisa do volume SAS ... talvez o firmware do seu controlador raid é b0rked ... ou você está usando os drivers errados ... (ou em alguns casos ... a < strong> REALMENTE controlador SAS barato). Também pode ser o resultado de algum programa antivírus (ou de vários programas sobrepostos), fazendo com que a máquina trabalhe 4 vezes mais do que o necessário. (via de regra ... use apenas um programa antivírus. Mais apenas fará sua máquina trabalhar mais sem nenhum motivo). Mesmo ter seu volume fragmentado em todo o lugar pode causar os sintomas que você está falando.
Eu tentaria primeiro corrigir o problema, em vez de simplesmente contorná-lo.