Nós despejamos bancos de dados MySQL muito maiores todas as noites sem nenhum problema de troca. Aqui está a linha de comando que é executada:
mysqldump --host = $ HOST -u $ USER --password = $ PASSWORD --max_allowed_packet = 512M --port = 3306 --single-transaction --skip-adicionar-bloqueios --quick -e databasename
Você está incluindo a opção "--quick"? Isso impede que o mysqldump recupere grandes tabelas em uma única consulta. Isso pode ser o que está forçando seu servidor a trocar. Isso faz com que o mysqldump obtenha as grandes tabelas linha por linha.