Isso depende inteiramente do que você deseja fazer com o seu VPS. Com base na pergunta, suspeito que você ainda tenha alguma leitura para fazer. Por exemplo, o LAMP não é um aplicativo, é um grupo de software que é comumente usado para aplicativos da Web e hospedagem.
Quanto ao SSH, é o shell seguro. As pessoas usam para obter uma sessão interativa segura com o servidor para fins de gerenciamento. O PuTTY é um cliente que suporta conexões SSH. Não é algo que você instala no servidor. Use isso em seu computador para iniciar conexões SSH com o servidor, uma vez que ele tenha um daemon de servidor SSH instalado.
Recomendaria enfaticamente que você acessasse o Google para saber as definições dos pacotes de software individuais e, em seguida, volte para cá com perguntas mais específicas. Boa sorte!