NTFS reserva 12,5% do volume (soa como este é aproximadamente um volume de 54 GB) para o MFT quando o volume é formatado (a menos que você anule esse comportamento). Isso impede a fragmentação da MFT. Com 4% de uso de sua MFT, parece que você não corre o risco de fazer com que o NTFS aloque espaço adicional para a MFT.
Se o espaço alocado para a MFT for esgotado, o NTFS alocará espaço adicional para a MFT. A funcionalidade "Desfragmentador de Disco" no Windows XP e no Windws Server 2003 (presumivelmente também em versões mais recentes do Windows) pode desfragmentar a MFT, portanto o espectro de fragmentação da MFT que era maior no NT 4.0 não é grande coisa hoje.
Basicamente, você não precisa se preocupar com nada.
Veja o link para informações da Microsoft.