Se você puder trabalhar com os switches necessários para instalar o MSI de maneira totalmente autônoma, use psexec parte do pstools da Microsoft / SysInternals.
psexec \workstation -u DOMAIN\Admin User -p password msiexec /i "\server\share\installer.msi" switches
Tendo tentado, o processo é muito imprevisível; alguns instaladores funcionarão, alguns são tão complicados que simplesmente não funcionam. A desinstalação não funciona de forma tão frequente quanto a instalação.
Para fazer com que o MSI instale em um modo sem atenuação, tente várias combinações dos seguintes parâmetros:
/quiet, /passive, /qn, /qb
Para mais informações sobre o msiexec.exe, tente
msiexec /?