para o seu script - para verificações de desempenho adiciono conteúdo do log de consultas lentas do mysql [você precisa ativá-lo no my.cnf do mysql]. Se você tiver consultas por mais de alguns segundos, provavelmente haverá algum gargalo de desempenho.
coloque alguma verificação de consistência - tripwire - integrit ou sth else - em locais que não devem ser modificados [/ etc /? binários? ]. talvez adicionar verificação de logs de ftp contra geoip - provavelmente você não espera ver logins bem-sucedidos da China ou da ex-União Soviética.
insira pelo menos registro de log do iptables para conexões de saída e inclua todas as portas de destino incomuns exibidas em seus logs. você provavelmente não deseja conexões http de saída - talvez, exceto a verificação de atualização dentro do drupal - essas podem ser o sinal de algumas tentativas de baixar cargas potencialmente mal-intencionadas. ou melhor ainda, eliminar todo o tráfego de saída e adicionar exceções, por exemplo, para tcp / 25 de saída, se você enviar alguns e-mails.
adicione monitoramento gráfico de tendências, por exemplo, com munin . gráficos de plotagem com carga, solicitações de número por segundo, uso de memória e troca, consultas mysql por segundo, consultas lentas, tráfego eth total, tráfego de correio.
e como Dan C sugere - você será desenhado em logs e começará a ignorá-los. configurar nagios ou qualquer outro sistema de verificação. que lhe informará quando coisas ruins acontecerem.