O NTBackup pode fazer backups online ("quentes") do Exchange Server 2003. Você realmente quer fazer backups quentes porque, por padrão, o mecanismo de banco de dados usa um modo de registro de transação não circular faz com que arquivos de log de transações sejam compilados na unidade de disco rígido do seu computador servidor. As únicas maneiras seguras e "suportadas" de liberar esses arquivos de log de transações são executar backups online ou colocar o banco de dados no modo de log circular (o que acaba com a finalidade do mecanismo de banco de dados ter o log de transação).
Dê uma olhada na pasta "MDBDATA" na sua pasta "\ Program Files \ exchsrvr". Se você não estiver executando backups online, verá muitos arquivos ".LOG" (ou, melhor, em qualquer caminho em que os logs de transações do grupo de armazenamento estejam sendo salvos). Deixado desmarcado, eventualmente você esgotará todo o seu espaço em disco e terá uma bagunça para lidar.
Vou recomendar o Guia de Operações de Recuperação de Desastres do Exchange 2003 da Microsoft como material de leitura leve. Ele fornecerá muitas informações práticas sobre o backup e a restauração do Exchange 2003.