A ferramenta de importação de rede do Office 365 PST nativa não fornece ferramentas para filtrar / remover duplicatas: link
Suas opções estão limitadas a:
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Use uma ferramenta de terceiros para importar o PST : isso permitirá que as duplicatas sejam importadas para a caixa de correio. Normalmente, eles são pagos e custarão caro. Estou listando isso caso você tenha um grande número de usuários que precisam dos dados importados.
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Importar usando o Outlook : você pode usar os filtros de importação do Outlook para detectar e impedir que as duplicatas sejam importadas para a caixa de correio. link
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Switches na ferramenta de importação de rede PST do Office 365 : sei que isso não remove duplicatas, mas no caso de falha acima, você pode restaurar um PST para uma subpasta do seu escolhendo usando a opção " TargetRootFolder ".
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Apare os dados antes de importar : Novamente, não remove duplicados, mas você pode optar por restaurar dados até uma data específica, talvez continuar onde os dados foram cortados? link